蜂蜜需要进行密封后放在干燥处阴凉处保存。蜂蜜中的主要成分是葡萄糖和果糖，在储存的过程中，其会吸食空气中的水分，非常容易变质，而且蜂蜜中含有大量的维生素，这种维生素需要避光保存。
蜂蜜是能放在冰箱里保存的。因为蜂蜜中的主要成分是葡萄糖和果糖，在储存的过程中，它会吸食空气中的水分，非常容易变质。需要把蜂蜜放在干燥处加盖保存，而且蜂蜜中含有大量的维生素，这种维生素需要避光保存，所以放在冰箱中是可以储存的。但是因为温度比较低，所以蜂蜜中非常容易产生一些白色的结晶，但是这种白色的结晶并不是变质，溶于水之后很快就会恢复到正常的情况，是不耽误饮用的。
蜂蜜最好储存在干净，清洁，通风和无异味的室内，盛装蜂蜜的容器最好选用玻璃瓶、瓷器、瓦缸、塑料瓶等，在贮存过程中，尽量不要接触到铅、锌、铁、铝等金属，这些金属会和蜂蜜发生化学反应造成污染。
储存时应放在阴凉、干燥、清洁、通风处，温度保持在5～10℃。蜂蜜由于浓度极高，渗透压大，进入其中的细胞会严重脱水死亡，所以蜂蜜不会变质，无需添加防腐剂。蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、吸湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品、腐蚀性的物品或不卫生的物品一同贮存。
蜂蜜无保质期，这个前提是蜂蜜必须足够的纯。但蜂蜜又是有保质期的，国家在06年实行的“GB18796-2005”蜂蜜生产标准中，强制要求蜂蜜企业在蜂产品上标明是两年。多数企业也标的是两年。有些蜂蜜企业标的是18个月。