如果长期不治疗，危害很多，第容易引起一些分泌物；肛门周围会分泌一些东西，比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污裤，就是内裤污染；另外可以引起皮炎湿疹。第肛瘘形成之后，可以在肛门周围形成一个肿块，肿块实际上就是肛瘘的瘘管，肿块时间长之后可以引起病人的疼痛。
肛瘘时间久了肛门周围分泌脓水，脓水污染内裤，易引起皮炎湿疹，肛瘘形成后在肛门周围形成肿块，长时间引起疼痛，由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘。
肛瘘不治疗会造成很多问题，比如肛瘘流脓，脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、痛痒，非常痛苦，影响工作和学习。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙，蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
肛瘘是由于肛周围脓肿而导致，因此只要不形成肛周围脓肿就不会有肛瘘的形成。要特别注意的是，一旦发现肛周围有发炎迹象，就应及时是用抗生素，或者进行抗炎的治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多．手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。