肛瘘是由于肛周围脓肿而导致，因此只要不形成肛周围脓肿就不会有肛瘘的形成。要特别注意的是，一旦发现肛周围有发炎迹象，就应及时是用抗生素，或者进行抗炎的治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多．手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发。
肛瘘严重会导降低抗病能力。久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。肛瘘易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘是一种常见的肛肠疾病，而且肛瘘在严重时就会出现流脓、搔痒、疼痛、排便不畅等症状。如果不治疗肛瘘，有的就会变成半马蹄瘘或全马蹄瘘，也就是肛门口周围一圈全是感染性管道，导致小病变大病。而且长期肛瘘的反复炎症刺激会有恶变可能。
怎样会引起肛瘘：瘘一般都在高温的天气犯的。办法就是降温。其实基本每一个人都有肛瘘，或严重或轻而已。每次洗澡时可以把水温调到自己可以承受的温度，然后对着肛门喷射。