可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
肛周脓肿会引起肚子里面不舒服，是由于肛周炎症刺激肠道引起腹痛、腹胀、里急后重、大便次数增多等症状。及早到医院肛肠科进行检查治疗，平时需要忌食辛辣刺激性食物，饮食宜清淡，保持肛门清洁。
肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
肛周脓肿不同于一般外科感染性脓肿，如体表的疖肿、蜂窝组织炎等，肛周脓肿是因为细菌感染后化脓形成的。引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有肛门腺感染：肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易损伤及细菌的侵入而引起感染，全身抵抗力减弱。
引起肛周脓肿的病因较多，绝大部分由肛腺感染引起，另外常见有肛窦炎，直肠内粘膜损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的引起感染。肛门直肠手术后也可引起肛周脓肿。
形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。
