肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。
肛周脓肿会引起睾丸疼痛的，是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，疼痛可能还是炎症刺激造成的，也有可能脓肿在会阴处，所以疼痛会严重，去医院检查，抗感染治疗。
常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧型细菌和结核分枝杆菌，常是多种病菌混合感染。肛门周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。