检查是否有肛痈病史，观察肛周有外口，常有脓性分泌物或粪汁流出，时觉瘙痒。皮下有条状硬索（即管道)由外口通向肛内，并在齿线相应部有内口。只有一个外口，一个内口，一条管道，且管道位于肛管直肠环以下，为低位单纯性肛瘘。具有两条以上管道，位于肛管直肠环以下，且外口或内口有两个以上，为低位复杂件肛瘘。
肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
中医治疗肛瘘需要吃一些相关药物进行治疗，同时在平时生活中要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，少吃辣以及油腻的食物，注意清淡饮食，避免熬夜劳累。必要时可以到医院检查一下。