因为肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段，能够有效的查出和治疗肝脏类的疾病。可以明确有无肝硬化存在。鉴别肝硬化临床类型，可区分酒精性肝硬化，还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。肝脏穿刺也可以判断药物治疗效果及病情变化情况。
肝穿刺检查主要用于各种肝脏疾病的鉴别诊断，如了解肝脏病变的程度和活动性，鉴别黄疸的性质和产生的原因，提供各型病毒性肝炎的病原学诊断依据，发现早期、静止期或尚在代偿期的肝硬化，判别临床疗效。
羊水穿刺又称羊膜穿刺，为产前检查，伴有某些创伤性。当孕妇和胎儿发生某些异常时，需检查羊水中染色体以甄别胎儿DNA有无异常。若出现下列情况，则需进行羊水穿刺检查：
1、唐氏综合征筛查结果提示高风险，则胎宝宝发生唐氏综合征等染色体疾病风险大于均值。
2、前期B超检查结果表明胎宝宝存在染色体异常有关的身体结构缺陷。
3、孕妇或父亲为隐性基因缺陷携带者，如囊性纤维化病、镰状细胞贫血病。
4、如果之前怀了基因异常的孩子，那么这一次再出现的几率也会更大；
5、孕妇或父亲患有染色体异常或基因遗传病，或两人其中一人患有此类家族病史。
做肾穿刺是为了诊断明确，因为肾炎的症状都非常相似，比如有血尿，蛋白尿，血肌酐异常，高血压或水肿的情况，它们从症状上都叫肾炎，但事实上肾炎的种类是非常多的。所以需要做肾穿刺，通过活检病理的形式来判断疾病是哪种类型的。不同的肾脏病治疗方案是不同的，预后也是不一样的。
比较严重的肝炎都是需要做穿刺的。比如慢性肝炎纤维化分期和炎症分级、活体肝移植的适应性评估、肝豆状核变性铜含量的测定、胆汁淤积性肝病的诊断、肝移植术后排斥反应的诊断、不明原因黄疸的确诊等。
羊水穿刺检查是产前诊断的一种方法，适合中期的产前诊断，羊水存在于羊膜腔内受精卵于受精形成羊膜腔，产生羊水。通过羊水穿刺是用针抽取少量羊水时，不易伤及胎儿。可供制片，染色，做胎儿染色体核型分析，染色体遗传病诊断。
