腘窝囊肿的治疗方法有手术和药物。腘窝囊肿是良性的病变，如果较小是可以观察的，但如果增大明显，是需要及时的手术，手术后是有复发的可能，除了手术，没有好的方法，药物是无效的，还是需要及时的就诊，根据情况来处理。
腘窝囊肿是一种常见疾病。如果囊肿小而未治疗，大或引起关节不适，可考虑在穿刺抽吸或手术治疗后注射药物来压迫绷带，囊肿不会癌变，注意残留的患肢，避免过度关节活动，避免疼痛和不适。到正规三甲以上医院骨科检查，可以做局部ct检查，彩超检查等。看一下囊肿的大小和位置，明确诊断对症治疗，生活中注意调养。暂时减少局部活动，避免剧烈运动。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿要看骨科或是关节外科，也可以看普通外科。具体可以到医院咨询导医台。腘窝囊肿是指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后突入致腘窝，使腘窝局部突出肿大的一种疾病。起初多无明显症状，随着肿块增大，可有膝关节后侧肿痛或膝关节屈伸不便等症状。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
好的方法是选择手术来治疗，如果想保守治疗的话，建议先做一下病理检测，如果是良性的话可以口服药物，但是治疗周期比较长，效果也不是很好。在生活上面需要养成良好的生活饮食习惯。吃柔软易消化的食物，少食多餐，饮食要规律。多喝水，促进新陈代谢，多吃水果蔬菜。不要吃生冷干硬，辛辣刺激的食物。