乳腺癌手术治疗免疫组化的检查目的是为下一步的静脉化疗或者免疫治疗做以指导，因为乳腺的恶性肿瘤发生和体内激素水平的异常有关，这些免疫标记物有明显的指导作用，常规的静脉化疗，并且还需要进行内分泌治疗。
对于免疫组化的结果，首先是雌激素受体ER、孕激素受体PR。如果这两个都是阳性的提示，可能能够采用内分泌治疗的药物，也就是采用内分泌治疗有效。其次就是Her-2，人表皮生长因子受体-2，如果是阴性不能用靶向药物。再次如果是阳性，还需要进一步做FISH基因检测，若表达比较多也就是过度扩增才能够选择靶向药物治疗。
首先是雌激素受体ER、孕激素受体PR。如果这两个都是阳性的提示，可能能够采用内分泌治疗的药物，也就是采用内分泌治疗有效。其次就是Her-2，人表皮生长因子受体-2，如果是阴性不能用靶向药物，如果是阳性，还需要进一步做FISH基因检测。
正常乳腺上皮细胞内存在ER、PR，当细胞发生癌变时，ER和PR出现部分和全部缺失。如果细胞仍保留ER、PR，则该乳腺癌细胞的生长和增殖仍受内分泌的调控，称为激素依赖性乳腺癌。如果ER或PR缺失，则该乳腺癌细胞的生长和增殖不再受内分泌的调控，称为非激素依赖性乳腺癌。HER2癌基因在正常乳腺组织中呈低表达，在乳腺癌组织中表达率可增高，其表达与乳腺癌的分级、淋巴结转移和临床分期呈正相关。
乳腺癌术后预后比较好，乳腺癌手术后的预后与疾病的分期和肿瘤的分子分型以及病人的身体状态，都有一定的关系，早期乳腺癌经过规范的治疗，5年生存率可以达到百分之70以上。对于年龄比较大，激素受体(+)，HER-2(-)，ki指数不高，以及组织学分级比较低的病人，预后也相对比较好。
乳腺癌免疫组化报告主要看四个指标，雌激素受体，孕激素受体，表皮生长因子受体，增殖细胞抗原。ER、PR阳性的病人适合内分泌治疗，HER2阳性的病人适合靶向药物治疗，Ki67的分界线为14，若超过则视为化疗指征。