如果诊断为良性囊肿，则通常需要对药物进行保守治疗。对于药物的保守治疗，只需要定期检查。囊肿未被证实恶化或癌变。如果出现以上所说的。可以采取手术切除方法促进恢复。
乳腺囊肿分为单纯囊肿及积乳囊肿，两者都是良性病变。单纯囊肿在乳腺囊肿中最为多见，主要是由于内分泌紊乱，引起导管上皮增生，致使导管延伸、迂曲、折叠，折叠处管壁因缺血而发生坏死，形成囊肿。对于一般囊肿无需特殊治疗，注意观察。也可服用中药或中成药，调节内分泌。
月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱；下腹不适感为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感；腹围增粗、腹内肿物是卵巢囊肿中最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
