囊肿是一种良性疾病，它可以长在人体表面，也可以长在内脏里；囊肿就是长在体内某一脏器、囊状的良性包块，其内容物的性质是液态的。我们可以通常称之为“水泡”。比如肾囊肿，卵巢囊肿。他的特点是一层外膜包裹一层液体。脓肿是急性炎症中，器官或组织内出现的局限性化脓性炎症，属渗出性炎中的化脓性炎。主要特征是组织发生液化性坏死，形成充满脓液的腔。可以说是个脓包。
肝囊肿指的是单纯性肝囊肿，肝囊肿是位于肝脏的薄膜上，并且没有并发感染，对人体伤害是比较小的。而肝脓肿属于感染性的疾病，是属于肝脏化脓性的病变，是由于细菌以及真菌等病菌引起的，对人体的伤害是比较大。肝囊肿的生长比较慢，不会感染，若是发生感染，会出现高热、腹膜炎等症状。肝脓肿会有并发症的发生，就比如脓肿破裂。因为肝脓肿的免疫系统本身就比较差，所以很容易生病，严重者还会出现全身的脓血症。
根尖脓肿指根尖周围的牙周膜和牙槽骨等尖周组织的疾病。疼痛非常剧烈，呈持续性、搏动性。可以根管治疗，也可切开引流。根尖囊肿由根尖肉芽肿发展而来，也可能是慢性牙槽脓肿发展而来，多无自觉症状。不论是根尖囊肿还是根尖脓肿，要想彻底治疗，都得进行手术。
肝囊肿继发细菌感染而有腹痛、发热。当囊肿过大时，可出现消化不良、恶心、呕吐和右上腹不适或疼痛等症状。肝脓肿全身菌血症或胆道感染引起的多发性脓肿，有厌食，恶心，体重下降和无力上腹疼痛或触痛和肝肿大。
囊肿与脓肿的区别可能还是继发因素不同，后者应该是感染形成，内容物都为一些脓液及细菌代谢产物等，囊肿可能都是血液或者人体组织液等。临床疾病表现也不同。需要根据病情状况确定，感染性疾病需要积极控制感染后才能选择外科手段治疗，而前者可能需要在病患身体条件好的情况下，择期进行临床外科手术治疗。
脓肿与囊肿是两个截然不同的概念，脓肿与囊肿的区别主要表现以下两方面：第一，从发病原因来说，脓肿是由于细菌感染引起的，临床常见的包括体表脓肿如疖肿、用化脓性指头炎，或者是腹腔内的肝脏脓肿、阑尾脓肿，而囊肿通常继发于内分泌系统的疾病，或者是先天性的，比如多囊肝、多囊肾，或者是甲状腺结节伴囊肿形成、乳腺囊性增生症。