腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
腘窝囊肿在绝大多数的情况下都需要手术治疗。因为只要发现腘窝囊肿，一般生长的都会比较大，不仅会引起小腿的血液供应，而且会导致下肢肿胀、疼痛，甚至有神经损伤症状，通常都需要在手术切开治疗。
传统的方法是切开，切除腘窝囊肿，这种方法，手术创伤比较大，术后膝关节功能容易受限，关节后方容易粘连，比较好的方法是由关节镜来进行，腘窝囊肿的切除，首先通过关节镜处理关节内的病变。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。