可以先用保守治疗一段时间，但是要及时观察，当肿瘤长大较快时最好的方法是手术治疗，但是切除以后还会有复发的几率，所以在手术以后要进行放化疗，然后配合药物提高身体免疫力防止复发。
间质瘤如果肿瘤不是很大的状况下，可以先用保守治疗一段时间，但是要及时观察，当肿瘤长大较快时治疗方法是手术治疗，但是切除以后还会有复发的几率，所以在手术以后要进行放化疗，然后配合中药提高身体免疫力防止复发。
目前对于临床已经确诊为间质瘤，如果没有手术禁忌，应当考虑进行手术治疗。虽然胃间质瘤生长较为缓慢，但是有潜在恶变的倾向，无论直径大小均应当考虑及时处理。目前对于胃间质瘤，可以腹腔镜下手术治疗。对于胃体和胃底的胃间质瘤应当考虑行胃楔形切除术。切除的范围应当距肿瘤1-2cm，不仅要完整切除肿瘤，还应切除部分正常的胃壁组织。
如果是胃肠道间质瘤的情况，那么考虑这个时候出现有骨转移的话。胃肠道间质瘤的治疗。具体的是手术联合靶向分子药物的综合治疗方法那么这个时候出现转移，考虑是需要结合病理的情况。遵医嘱进行进一步的治疗改善的。
间质瘤是一种具有潜在恶性倾向的侵袭性肿瘤。良性的间质瘤如果能够给予积极的手术治疗，是能够完全达到临床治愈的。而恶性间质瘤由于其生长较为缓慢，淋巴结及血行转移较少，如果能早期发现和手术切除，术后再配合基因靶向之类的药物治疗，同样能够获得很好的生存期，甚至是长期生存，达到类似临床治愈的效果。
胃间质瘤这种疾病一定要及时的进行治疗，在早期的时候治好还是非常高的。胃间质瘤能治好的，胃肠道间质瘤，无特异性临床表现，病程可短至数天长至20年，恶性胃肠道间质瘤病程较短，多在数月以内。良性或早期者无症状。