目前临床治疗方案应该是以奥沙利铂、亚叶酸钙和五氟尿嘧啶的治疗为主，临床治疗一般会选择两周一个疗程，围绕手术围手术期前后可能需要进行六个月左右的治疗，一般给药是奥沙利铂、亚叶酸钙和五氟尿嘧啶的联合应用，第二个治疗方式可以选择亚叶酸钙、五氟尿嘧啶，也是需要两周一个疗程，共用六个月左右，目前卡培他滨也可以选择，也是治疗六个月，但是每个疗程可能需要三周，一般都需要结合患者的病情确定选择治疗方式。
直肠癌的化疗方案一般就是以氟尿嘧啶为主要的化疗方案，比如有FOLFOX方案，FOLFOX就是奥沙利铂加氟尿嘧啶，然后还有卡培他滨加氟尿嘧啶这个方案。现在应用比较广泛的是奥沙利铂加其他治疗药物口服也可以。如果病情较晚，可以行基因检测的治疗，与化疗、靶向治疗相结合。
通常由以下三种。有全身静脉用药化疗这是直肠癌化疗方式中比较直接的方法，这种方法会使药物快速溶于病人的身体，静脉用药主要是吸收效果好，作用快。动脉插管化疗，肝动脉插管化疗是治疗直肠癌比较常用的方法。腹腔化疗，腹腔化疗是通过病人的腹腔内直接给药，这对腹腔内的药物浓度的增高有一定的作用，从而对治疗有一定的效果。
中年的男性因为直肠癌做了手术，并且他的分期术后需要进行静脉化疗，那么静脉化疗常用的方案是以氟尿嘧啶，以控制癌细胞扩散延长生命为治疗目的，建议中医中药保守治疗，控制病情稳定，中医认为治疗肿瘤的原则是：清热解毒、活血化瘀、化痰利湿、软坚散结、补气养血、滋阴培元提高免疫力为目的。
直肠癌患者II期及以上的患者具有化疗指征，大多数患者需要进行术后辅助化疗或术前新辅助化疗。应用较多的化疗方案包括铂类联合5Fu化疗以及伊立替康联合5FU类的化疗。
直肠癌的口服化疗药目前最常用的是氟尿嘧啶类药物，氟尿嘧啶一直是结直肠癌首选的化疗药物，但因其与肿瘤细胞的作用时间短，影响了其抗癌的疗效，且有较严重的毒副作用。
