易出现的排异现象有发热、皮肤潮红、皮疹、肝脾肿大、肝功能异常等。除此还有一些严重的情况，全血细胞减少、肝炎、严重腹泻、骨髓硬质和感染，更严重时还会出现并发症而致死。
急性排斥是同种移植中较常见的一种排斥反应，多发生在术后数天至数月内，其机制主要为细胞免疫，即受者被致敏产生的大量细胞毒素T细胞直接杀伤靶细胞，其病理特点是炎症浸润、动脉血管内膜炎、内皮细胞空泡变性、血管壁纤维素样坏死。2、慢性排斥一般发生在术后数月至1年后发生，过程缓慢、最终导致移植物功能丧失，其机制一般不清楚。
骨髓移植排异反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。
骨髓移植是治疗重型再障，在有同胞全合的情况下去选用。它的风险是，第一有20%左右的移植相关死亡，包括在移植过程中，会出现植入不良；并发感染出血；也可能出现排异，排异会导致一定的风险；还有疾病复发。另外一个风险，就是费用比较高。半相合供者原来认为风险很大，因为排异非常明显，半相合移植随着技术地改进，移植相关死亡率和并发症，已经大大地缓解了，对于一些非常难治的再障，尤其是年轻的病人，还是推荐去做的。
急性排异一般在移植后100天左右，慢性排异一般发生在移植100天后至2年，有2/3的人发生在移植后12月内。所以骨髓移植排异时间长短不一，有持续几个月的，也有持续几年甚至终身。
骨髓移植排斥反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。急性移植物抗宿主病的预防更为重要。