具体如何治疗，要根据囊肿引起的症状来确定。如果没有什么征兆，就是身体检查的时候发现了一个肿块，没有疼痛，没有麻木，没有脚踝的活动，没有其他的约束，那么就可以不用了。不用治疗，只需定期复查即可。如果出现了症状，但没有明显的症状，仅有轻微的触痛和麻木，并且在运动时感觉到轻微的疼痛，可以通过缓解疼痛来进行对症治疗。如果有轻度的疼痛，可以外用一些止痛的药物，比如扶他林。如果出现剧烈的疼痛症状，可以服用一些止痛药，比如西乐葆、扶他林等。如果囊肿有明显的疼痛、局部麻木、踝关节活动受到限制，可以考虑做外科手术。麻醉下，切除囊肿。如果囊肿表面较浅，体积较小，可以采用局部麻醉。如果是深的，靠近骨面，面积很大，局部麻的话，可能会起到很大的作用，我们可能会用到腰麻，或者是更高级别的麻醉，在门诊是做不到的。
囊肿是一种细菌感染，在皮下的炎性反应，需要服用一些药物两周的时间，要化验一下血常规的情况。必要时需要去外科做切开引流手术，按时换药，按时拆线。不要吃刺激性食物。
通常病人不会有什么感觉，也不需要去特别处理，但是需要每隔半年做一次B超，以明确囊肿大小变化的情况，如果有增大，速度比较快。超过五厘米或者压迫到周围的组织，引起身体不舒服的话，可以通过微创手术的方式来治疗。
肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
