较小的根尖囊肿可以通过根管治疗后定期复查，若有变小，则不需要另行处理；较大的根尖囊肿则需要在根管治疗后，进行根尖手术、囊肿切除术。大的根尖囊肿需要进行手术切除，囊肿部位的牙齿能够保留的尽量保留，不能保留的也需要一并拔除。
通常情况下，腱鞘囊肿做手术后复发可以通过二次手术来改善。
腱鞘囊肿术后再发的可能性很小。如果复发，很有可能是因为首次手术后腱鞘囊肿囊壁没有彻底清除，或是新的囊肿在新的位置生长。如果囊肿复发并不会对日常生活造成很大的影响，也可以不治疗。如果出现局部疼痛压迫神经，引起疼痛、麻木等症状，可能会影响工作和生活，则要重新做一次手术。
腱鞘囊肿手术后复发可以进行二次手术。
术后出现的肌腱鞘囊肿复发，需要进行第二次外科切除。不过，做完这台手术，疤痕粘合的情况并不好。因此，在做完这一系列的手术之后，一定要谨慎地进行分离，避免对周围的神经和血管造成的伤害，术后要多休息，避免出现反复。伤口要及时进行换药和杀菌。要做好局部护理工作，注意休息。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
宫颈囊肿是腺体分泌不畅引起的，手术术后不会复发，偶尔也有复发的可能。保持阴部清洁卫生，适当控制性生活，注意性生活频率力度，勤清洗勤换内裤，必要时可以在月经干净后去医院手术，术后一个月不要同房，预防感染，定期复查。正常就不用担心。
