胃食管返流有关，宝宝胃为水平位，食管下段压力低，容易出现返流，夜间睡着后返流容易呛到气管，出现咳嗽。本身气道相对狭窄，夜间迷走神经支配为主，如果受到冷热或者灰尘等异物刺激后，气管持续痉挛，也会出现咳嗽。
一般情况下，如果宝贝睡着后咳嗽，可以通过药物治疗、养成良好的生活习惯等方式进行处理。具体分析如下：
1.药物治疗：当宝贝睡着后咳嗽，可能是感冒、支气管炎等疾病引起的，可以在医生的指导下使用药物进行治疗，如罗红霉素颗粒、抗病毒颗粒、小儿止咳糖浆等，有利于控制病情。
2.养成良好的生活习惯：建议家长做好患儿的护理工作，多带他到户外晒太阳，还要保持其的饮食清淡，让其多喝水，避免熬夜，以免危害身体健康。
儿童睡着后咳嗽迷走神经兴奋导致呼吸道反应性增高，出现刺激性咳嗽，至于影响睡眠质量，口服药物效果不明显，可以去当地医院儿科门诊，是否有支气管哮喘或支气管炎；室内温湿度要适宜，不要太干燥，不要门窗通风处睡觉，防止照亮预防感冒。
睡着不咳嗽醒来就咳嗽是发生了呼吸系统感染，在晚上睡觉的时候人体的咳嗽中枢会受到抑制，所以咳嗽的现象就会减弱，会出现睡着不咳嗽，醒来的时候就会出现咳嗽。过一夜的睡眠，呼吸道内积聚了比较多的痰液，也就是炎性分泌物。
宝宝晚上咳嗽呕吐，就是因为受凉和是消化不良还要积食所引起。可以给孩子使用些益生菌进行调理肠胃，严重的就要到医院检查，在专业人士的指导下使用药物治疗。并且多喝水，注意保暖，清淡饮食。