支气管镜检查有适应证和禁忌症，适用于支气管疾病的检查，患者出现不明原因的胸腔积水时，使用支气管镜检查是比较好的，但是支气管镜检查也有禁忌，一些有心血管疾病的患者，是不能进行支气管镜检查的，还有一些出现严重气胸、有严重感染性疾病的患者，都不适合进行支气管镜的检查，除此以外，腹主动脉瘤严重的情况下，也不适合支气管镜检查。
纤维支气管镜检查的禁忌症主要包括大咯血、严重心肺功能失常、合并急性心肌梗塞以及严重呼吸困难。纤支镜检查的禁忌症是相对的，临床上并没有绝对禁忌症，包括大咯血和严重心肺功能衰竭，通过气管插管抢救之后，如果有需要，仍然可以在床旁进行纤支镜检查。这种检查是将细长光导纤维支气管镜经口或经鼻伸入下呼吸道,经过声门进入气管和支气管及更远端,直接观察气管和支气管病变,根据病变进行相应检查和治疗。
支气管镜检查后应严格卧床休息，避免剧烈活动；为防止吸入或咳嗽等麻醉并发症，应在两小时内避免进食，也不要不要喝水；尽量不要进行重的体力活动，特别是用力咳嗽，如果用力咳嗽或者做体力活动以后，会引起咯血。此外，支气管镜检查一般需要侧位。少数患者术后会出现咯血，拉咯血量大，会进入正常支气管，有窒息的危险，因此，术后需采取侧卧位。由于喉咙有麻药的作用,咽喉部会有不适觉，建议不要用力的咳嗽。出现发烧需要与肺部感染鉴别。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜一般是检查支气管肺部相关的疾病，支气管镜检查不明原因的咳血，慢性咳嗽，患者不明原因的声音沙哑者，不明原因的横膈上升，是诊断急性慢性支气管炎，支气管结核，气管支气管狭窄，怀疑有支气管瘘的诊断，并诊断弥漫性肺部疾病的重要步骤。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。