肠系膜动脉血栓可以通过一般治疗、手术治疗等方法进行治疗。
1.一般治疗：如果症状比较轻微，患者应该注意一般治疗，即包括建立静脉营养、胃肠减压、静脉补液维持水、电解质平衡等，有助于缓解症状。
2.手术治疗：如果症状较重，建议尽早进行导管下溶栓治疗，如果已发生肠坏死，则应进行剖腹探查术，并进行肠切除术。
肠系膜血栓可选择胃肠减压，补充血容量，应用广谱抗生素，也应该进行抗凝治疗，同时密切观察腹部体征变化。尽量到医院进行进一步诊断，在医生的合理的指导下进行治疗，以免病情的加重。必要时进行剖腹探查，将坏死的肠管连同含有静脉血栓的系膜切除。平时注意腹部的保暖，避免着凉，如有不适要立即告知医生，养成良好的生活习惯。
肠系膜上动脉血栓应早诊断、早治疗，包括支持疗法和手术疗法，手术疗法可行血栓内膜切除或肠系膜上动脉－腹主动脉“搭桥”手术，若已有肠坏死，应肠切除，根据肠管切除的范围及切除边缘的血运状况，施行一期肠吻合或肠断端外置造口术。
有动脉血管血栓要抗凝溶栓治疗，如果堵塞非常严重，需要手术治疗。比如动脉置管溶栓手术、切开取栓手术、机械取栓吸栓治疗。导致的静脉血管淤积，从而形成血栓。建议病人多喝白开水，能够有效的使血液稀释，尽量不要吃过于太甜的食物，避免增加血液的黏稠度。饮食要注意清淡。适量的运动可以提高身体的免疫力。
血栓好全的可能性不大，血管遍布周身，血液的高凝状态易造成血栓发病部位及时间的不确定性，好难度还是很大的。如果患有血栓，应该在指导下应用抗凝溶栓药进行治疗，患有血栓要注意避免熬夜、过食辛辣刺激油腻食物，戒烟酒。