射频消融术一般有5%-7%的患者可能会出现不同种类的并发症，相对而言，较为严重的并发症有短暂性脑缺血发作、脑卒中、心脏压塞、膈神经损伤等，还有一些患者可以出现相对比较罕见的并发症，比如肺静脉狭窄。
射频消融手术对心房存在损害，应用于室上性心动过速、室性早搏或房性早搏中，病人术后恢复较快。随着临床房颤消融术的普遍应用，且由于左心房后部紧贴食管，个别情况下在房颤消融术中可能对食管造成损伤，因此房颤消融术后需长时间服用胃黏膜保护剂及抑制胃酸分泌药物，保护食管，避免发生食管心房瘘，对病人造成致命性损害。
射频消融利用热凝固的原理，通过凝固和坏死蛋白，使包括肿瘤细胞在内的组织死亡。但是，如果治疗过程涉及到周围的神经血管或肠、尿管系统，可能会引起并发症，如肠漏、血管漏、胆漏，有时甚至烧灼血管，导致大出血。因此，射频消融术虽然是一种微创手术，不是一种大手术，但一旦发生并发症，也是致命的。因此，射频消融技术的操作必须在严格筛选和技术控制的前提下进行。
射频消融术在血管穿刺过程中可发生并发症，包括局部出血、血肿、感染、气胸、血栓形成、栓塞等，导管操作并发症包括主动脉瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等，放电消融并发症包括房室传导阻滞、心肌梗死等。
射频消融是一种微创的治疗心律失常的方法。在无并发症的情况下，射频消融术在第二天就能恢复正常。而被消融的能量损害的部分，通常会出现水肿，炎症细胞浸润等变化，最终形成疤痕，需要几个星期到一个月的时间，这也是为什么有些手术中的病人，术后一个月的随访，效果反而更好，也就是说，在消融的位置，会有持续的损伤。对于心房颤动病人，射频消融术后3个月的治疗效果进行评价。
