智齿的表面已经龋坏或者洞深已达神经，就需要拔除。智齿生长的方向是顶着前牙，有时候是顶着前牙的颈部或者前牙的根部，智齿就会有个力，向前推动牙齿，就会使下前牙变得拥挤，这种智齿需要拔除。智齿是颊舌向生长，影响口腔黏膜的完整性也需要拔除。
在拔除智齿后，需要对位缝合切开的牙龈软组织，关闭创口。如果拔牙术中损伤较大，术中出血较多，需要拔牙创内填塞碘仿油纱帮助止血，此时可以缝合颊舌侧牙龈软组织，固定碘仿油纱。
有足够的间隙供智齿正常萌出，也就是颌骨骨量足够容纳智齿。同时有正常的咬合关系，可不必拔除。如果第二磨牙龋坏严重需要拔除时，通过X线拍片证实智齿的牙根尚未完全形成，此时保留智齿，将来也许可以代替缺失的第二磨牙。
智齿拔出除了微创还有传统智齿拔除手术，但是传统智齿拔除手术中，大部分医生采用的是牙钳及牙挺等器械，这些器械术后可出现严重的并发症，比如出血，感染，变形，更多的牙齿疾病。
拔智齿需要休息两天左右的时间，并且要注意口腔方面的卫生，而且还不能够吃辛辣刺激性的食物。必要的时候也可以选择药物治疗，可以起到消炎的作用，而且饮食上应该适当的喝小米粥，不要吃辛辣刺激性食物。
如果龋坏后的智齿疼痛不明显，是可以在去掉龋坏牙体组织后充填窝洞的。如果龋坏已经引起牙髓炎，智齿产生剧烈的疼痛或者牙冠的龋坏已经破坏了大部分的牙冠，智齿无法保留，没有必要进行根管治疗和修复，直接拔除智齿即可。如果智齿牙位不正、埋伏阻生或没有对颌牙、没有咀嚼功能，可以直接拔除有洞的智齿，不用修补。