肠结核一般起病较缓，且早期症状不明显。肠结核的临床表现分为两大类。一是全身症状有潮热，盗汗，发热，乏力，营养不良，消瘦等。还有消化道症状腹痛，腹泻，便秘，大便带血等。
肠结核会出现消瘦乏力、低热盗汗等全身症状，随病程发展身体会出现维生素缺乏、营养不良、贫血等表现，腹痛可位于脐周，较轻，呈隐痛和钝痛，有的会出现间歇性疼痛，常于进餐时和餐后诱发。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
结核菌素试验、红细胞沉降率、x光成像、结肠镜检查和腹腔镜检查可以为肠结核的检查提供可靠的线索。肠结核应尽快去结核病医院，并尽快住院观察治疗。肠结核应禁食辛辣食物，避免家庭成员使用同一套餐具，应戒烟戒酒，避免过度劳累，并防止熬夜按时休息。
肠结核不适开放性结核，一般不会传染给别人。肠结核是结核病的一种。人体的许多器官都可以得结核病，常见的是肺结核，其次是肠结核，所以肠结核是仅次于肺结核的常见结核病之一。吞食了被结核杆菌污染的食物或使用了被结核杆菌沾污的用具，如碗筷。