肾穿刺危害不大的，肾穿刺可能出现的危害有出血、感染、血尿、腰部软组织损伤等，极少概率出现急性肾功能衰竭。急进性的肾小球肾炎、急性肾衰竭、原发性的肾病综合征等疾病，都需要行肾穿刺活检明确病理类型，指导下一步的治疗。
做了肾穿刺的危害有穿刺后约80～90%有镜下血尿，肉眼血尿的发生率因穿刺针损伤程度而异，约5～50%。血尿在1～5天内自行消失。腰痛，肾穿刺术后，多数病人有同侧腰痛或不适感，约3～5天自行消失。感染，穿刺术后感染不是很多见，多因消毒不严或原有肾感染在穿刺后细菌扩散所致。
肾脏穿刺活检存在一定的风险，并且在检查时可能会引起轻微的疼痛，但是医生在穿刺前会做好详尽的检查做好术前准备，可以说创伤和痛苦是非常小的可以将风险降至最低，不足以对健康带来负面影响。
肾穿刺对身体没有影响，但是会出现局部出血、尿血等反应，或者肾周围的血肿，通常可自行恢复，若血肿较大，则可出现腰痛、腹痛等症状，严重时需输血治疗。极个别的在穿刺过程中划伤肾动脉或肾脏，导致大出血，需联合外科行肾切除术。
肾穿刺是有创操作，是有一定的伤害，但是为了诊断病情，需要做的话，也只能进行肾穿刺的，不会有什么伤害和后遗症，最大的风险就是穿刺的部位，有大血管或者是误穿到别的大血管造成大出血。