如果囊肿不大，没有症状，不需要药物治疗。单一肾囊肿的唯一危害就是可能发展成恶性囊肿，不过这很少发生，无痛而良性的肾囊肿不需要治疗。如果肾脏囊肿发展，可能导致恶性。最好是在早期就有警惕，才能及时加以防止。
肾囊肿是一种非常常见的肾脏良性肿瘤性病变，如果囊肿直径在5.0厘米及以上，就有可能引起血尿，腰部胀痛不适，高血压等健康问题，就需要采取手术或者穿刺抽液的方式进行治疗。
肾囊肿的治疗根据囊肿的大小以及其它各个方面的不同，有不同的治疗方式。当囊肿比较小的时候，小于四个厘米，没有特别的临床症状，可以密切的随访观察。大于四个厘米的，有临床症状的，可以考虑手术治疗。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
胎儿肾囊肿会发生囊内出血或感染，肾囊肿会引起腰腹疼痛不适等症状。有的肾囊肿还会压迫输尿管或肾盏，引起感染和积水，导致腰痛、尿路感染、发烧、寒颤等症状。这会影响肾脏功能，严重的还会导致尿毒症的发生。