手术治疗，可分为经皮肾镜碎石手术，腹腔镜切开取石手术，输尿管软镜碎石手术，开放肾脏切开取石手术，需要结合结石的大小是否多发，肾脏积水的情况，以及梗阻的程度，来决定手术治疗方案。
一般情况下，肾结石治疗方案有有以下几种：
1.总体治疗
（1）大量饮水保持尿量超过2000毫升。
（2）调整饮食，避免高盐、高蛋白饮食。草酸钙结石要避免食用高钙、草酸高的食物。
2.去除原发病因素
3.药物治疗：紧急使用药物，改善症状，排石药物，预防结石复发。
4.手术治疗：体外震波碎石，输尿管镜取石，经皮肾切开取石术，开放性手术。
要想治好肾积水，必须要确定肾脏的体积、数量、位置、肾脏水肿的严重性，必须要做一系列的CT检测，这样才能确定上述问题，并确定最好的治疗方法。
如果是单个的单发性的结石，而且结石的大小不超过0.6cm，可以通过多喝水、多运动的方式排出，如果是一块大的，或者是一公分的肾结石，可以用体外震波碎石来进行，如果是直径超过2厘米的，或者是肾脏积水比较严重的，则要做外科手术。
肾结石的最好治疗方法是根据结石位置、性质、大小、结石负荷、结石多少来进行综合判断，综合治疗方法。如果患的结石是胱氨酸结石或尿酸结石，即可以通过溶石来解决，可以通过口服药物来进行溶石。
通常没有肾结石喝水最佳时间是什么时候的固定说法，患者应注意将喝水时间均匀分开。
肾结石患者平时要多饮水，多尿量，有利于肾脏疾病的防治。当然，喝的时候都是分散的，没有什么时候是最好的。此外，一些患者还可以在晚上多喝一些水，例如晚上多喝一两次，这样对于预防和治疗肾脏疾病会有很大的好处。另外，患有肾结石的患者要注意保持好的生活方式，要有规律的运动。日常生活中要注意多食用新鲜的蔬菜和水果，对于治疗和防止肾脏结石有很大的效果。
一般情况下，肾结石小于0.4cm时，应多饮水、多排尿，观察结石排出情况。具体情况分析如下：
肾结石约0.4cm，属于肾小结石，属于无意义结石，可通过输尿管排入膀胱排出体外。泌尿系统结石手术中，如果结石被激光击碎到0.4cm以下，就属于治愈状态，术后只需要排石，无需口服排石药、体外冲击波碎石、手术治疗。大多数小于0.4cm的结石，通过排尿两周就能排出体外。少数结石可以长时间停留在肾乳头或肾盂粘膜壁上。