患者做肾穿刺的原因有肾小球肾炎，肾功能减退较快者。或者临床表现不典型的原发性急性肾炎或急性肾炎数月后不愈或出现肾功能下降者。再或者急进性肾炎综合征，需行肾穿刺明确病理类型。还有就是)原因不明，考虑是继发于全身性疾病者。
如果是特别轻微的肾炎，比如无症状性血尿、尿蛋白定量在1.0克以下，并且肾功能是正常的，此时可以不做肾穿刺，先用药物治疗。如果尿蛋白定量大于3.5克，同时伴有血尿或者肌酐升高，或者应用药物治疗效果不好，此时需要进行肾活检，明确病理类型后对症治疗。
肾炎种类不同，对于肾穿刺的要求也不一样。有些肾炎不适合做肾穿刺，比如肾盂肾炎、肾结核、肾盂积水或脓肿，均不用做肾穿刺。但是有些肾炎一定要做肾穿刺，比如有各种类型的肾小球肾炎、肾病综合征这些都需要进行肾穿刺。
肾盂肾炎病人有必要做肾穿刺活组织检查，肾活组织检查的适应症主要为弥漫性肾小球疾病。凡临床考虑为肾脏弥漫性病变，如肾小球肾炎、肾病综合征、无症状性蛋白尿、无症状性血尿、系统性红斑狼疮、过敏性紫癜、结节性多动脉炎等可作为肾穿刺活组织检查的首要指征。
隐匿性肾炎简称为慢性肾炎，是各种原发性肾小球疾病导致的一组长病程的，以蛋白尿、血尿、水肿、高血压为临床表现的疾病。此病十分常见，以青壮年好发，尤以男性青年发病率高。