肾脓肿治疗主要是脓液引流及抗炎输液控制感染治疗。如果合并糖尿病应该积极控制血糖，否则患者有感染性休克甚至死亡的可能。脓液引流可根据脓肿的大小，采取经皮肾穿刺引流和手术切开引流。也可以根据细菌培养结果使用敏感的抗菌素。
肾脓肿采用下面的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿依然在扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。如果错过了最佳的治疗时间，进入终末期肾功能衰竭时，应立即予以透析治疗，首选血液透析。多囊肾的肾移植生存率与其他原因而施术者相仿，但因同时伴发的疾病，增加了术后处理的困难，影响移植效果。
肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
肾脓肿采用以下的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。CT示囊肿CT值较无感染囊肿CT值增高，囊壁增厚，注射血管造影剂后囊壁显影增强。囊肿位于肾上、下极或侧缘者，在B超引导或CT引导下穿刺抽吸囊肿液送常规检查及细菌培养，用生理盐水冲洗囊腔。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使囊内液直至不再分泌。