主要就是肾脏的损伤。这一般都是因为结石体积比较大，直径超过两厘米、质地比较硬、多次碎石导致的；另外就是肾脏碎石后出血，这一般是因为反复多次碎石，两次碎石时间相隔太短，少于两周导致的；最严重的危害就是感染，这一般是因为结石本身已经导致梗阻，肾脏有感染，碎石导致细菌入血，引起败血症、脓毒血症问题，严重的有生命危险。
肾结石患者通常在做体外震波碎石时，过程中经常会出现疼痛不明显现象。
当然，碎石完成后，此碎石易落入输尿管内，经输尿管流出时，则易形成输尿管梗阻，机械梗阻一经形成，可有较剧痛，例如，引起病可发生腰部剧痛，常表现绞痛。痛苦之余，也会使患者产生恶心、呕吐消化道症状和有尿频、尿急、尿痛乃至血尿等症状，对于这类患者，可适当给些解除输尿管痉挛和止痛类药物，还可酌情给患者进行补液，并应用某些药物扩张输尿管，以促使结石排出。
通常情况下，肾结石做体外碎石会影响肾。具体情况分析如下：
肾结石是指晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，常见的症状有肾区疼痛、血尿、尿频等，肾结石大小不同、位置不同，治疗的方案也是完全不一样的，一般超过1cm的肾脏结石需要做体外震波碎石，患者如果做手术，可能会在手术过程中轻微地导致肾脏出血，因此肾结石做体外碎石会影响肾。
一般情况下，肾结石体外碎石的原理是发射冲击波击碎结石，具体内容如下：
如果患者体内的肾结石直径小于2cm，通常是可以通过体外冲击波碎石来进行治疗的。体外冲击波碎石指的是碎石机上存在一个冲击波的发射源，这个发射源能够发射冲击波，可以聚焦在肾结石上，并且将结石击碎。结石击碎之后，比较大的部分通常会在术中取出体外，比较小的部分仍然需要随着尿液通过输尿管、膀胱、尿道排出体外。但是，如果患者体内结石的直径不到0.6mm，患者通常不需要进行手术，可以适当增加饮水量，以促进结石排出。
体内碎石往往是在手术的情况下，进行激光的碎石设备进行体内碎石，体外碎石往往是通过体外震波碎石等一些碎石方法进行碎石。对于体内碎石的病人，往往是由于结石比较大或者结石梗阻时间比较久，通过体外碎石无法完成的结石，才通过手术的方法进行体内碎石，体外碎石往往是对于体积比较小，梗阻时间比较短或者没有明显梗阻的病人，才进行体外碎石，效果可能会比较好。
肾结石体外碎石危害可能有一定的危害，但是不要过于担心。
尽管肾结石体外碎石是一种无创治疗，但也造成了一定的伤害，肾结石在体外碎石时，很可能会使患者产生部分内脏受损，例如，会使肾脏受到某种伤害，也可使患者血尿，肾结石流出时，也会使患者发生输尿管梗阻，由此导致患者肾绞痛，同时出现尿路梗阻等，会导致周围组织水肿。因此，如果患者患有肾病的话，在进行体外震波碎石之后，应该及时的采取保守治疗措施。当然多次体外震波碎石会有较大伤害，尤其对同一部位多次体外碎石效果更好，可使患者产生某些严重后果，可使患者发生肾破裂或肾衰竭急性发作，部分患者严重者可发生重度出血。但是不要过于担心，建议前往正规医院进行治疗。