病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。药物治疗，合并感染者应给予抗生素治疗，消灭感染，缓解症状。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
肾积水的主要治疗，第一个就是去除肾积水的病因，保留患肾，例如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在起除病因以后，即可获得良好的效果。手术的方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部的狭窄，可以做肾盂成形术。
谈到左肾积水的治疗，首先应该明确积水的原因，因为原因不一样，治疗方法也是不一样的。能够引起左肾积水比较常见的原因是左侧输尿管结石、左侧肾盂输尿管连接处狭窄、左侧输尿管肿瘤等。对于输尿管结石，结石在5mm以下可以先尝试应用排石颗粒、枸橼酸钾等药物治疗。
肾积水的治疗办法首先要明确肾积水的病因。如为憋尿过于明显引起的肾积水，建议可以通过勤排尿、多喝水、避免长期久坐，憋尿等习惯来改变。大多数不用治疗，可完全治好。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。