中药治疗肾囊可以选择知柏地黄汤合小蓟饮子加减来治疗的。中医治肾囊肿可根据病人体质来选择，如肾虚火旺的病人，如有小便短赤带血，头晕耳鸣，神疲，口干咽燥，腰膝酸软，舌质红等症状的，主要就是要滋阴降火，凉血止血。
目前的医疗技术手段，没有任何一种药物可以治疗肾囊肿，中药也不例外。目前只有一种药能够抑制肾囊肿的增长速度和幅度，也不能起到治好的作用，如果出现腹胀等临床不适症状，这时候就需要及时治疗。可以依据具体的位置，选择超声引导下介入穿刺抽液硬化治疗或者手术治疗。
治疗肾囊肿的方法以囊肿减压术为主，主要是针对于表浅而且比较大的囊肿，尤其是出现持续性疼痛且伴有严重的高血压、肾功能不全者。如果出现合并有囊肿感染者，需应用抗生素进行治疗。
如果是单一囊肿，没有影响到肾脏功能，可以考虑暂时不进行外科手术治疗的，平时注意休息，其次就是定期复查看看囊肿是否有进行性长大的情况存在，如果继续长大，及早手术还是比较好的。对于囊肿目前还没有药物进行治疗，主要是外科手术或者是观察。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。