首先根据患者的临床表现对症治疗，如抗癫痫药物、抗精神病药物等，其次是营养治疗，保证患者日常均衡的营养，再者是心理疗法，通过交谈对其进行疏导，此外，针灸、推拿、理疗等也可以改善患者功能恢复。
多吃蔬菜和水果等。一般来讲从食物中补充钙铁锌会更好一些，但要注意的是钙和铁不能同时补，脑炎后遗症患者的康复还要注意锻炼是身体。避免辛辣，油腻，寒凉刺激的食物。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
手术治疗：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗中占有重要的地位。在各种非手术治疗无效时,手术就成为重要手段。心理治疗：受病情影响，严重影响病情治疗，所以心理治疗很重要。
专科医院。这些个医院都是集国际、医疗、教学、科研、预防交流五位一体的三级甲等综合性医院。近几年来，医院也实现了跨越式发展，涌现了一批特色医疗项目，医院的整体规模也在不断的扩大。