脑炎后遗症一般不会自愈，一定要掌握一些治疗的方法，要针对不同的后遗症表现，采取相应的治疗，综合治疗是比较好的办法，可以在服药期间做一些有氧运动，对于治疗有好处。
后遗症是不可以自愈的，如果是脑膜炎后遗症，经过正确的治疗可以得到缓解，但要治愈可能是很困难的，但只有治疗则有希望。建议注意保暖，预防感冒。多饮水，适当运动锻炼。
不治疗是不会自愈的，在治疗的时候需要患者根据自己的病情来选择合适的治疗方法，有很多的患者可能会出现运动障碍的情况，有的还因脑神经瘫痪而出现斜视、面瘫或者吞咽障碍情况。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
手术治疗：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗中占有重要的地位。在各种非手术治疗无效时,手术就成为重要手段。心理治疗：受病情影响，严重影响病情治疗，所以心理治疗很重要。