免疫性脑干脑炎还是比较严重的疾病，一般都是需要住院治疗的，而且还要做好观察工作，随时注意瞳孔大小。一旦发生改变，即应进行对症处理。注意营养及热量补充，昏迷病人可予鼻饲。保持皮肤清洁干燥，防止发生褥疮。
如果患有脑干脑炎的疾病应该到医院去做相关的检查和治疗。一般脑炎是需要进行住院治疗，通过测量体温，脉搏，呼吸以及血压的改变，包括瞳孔的大小，要进行对症处理，而且要及时给与营养以及热量的补充，要保持皮肤的清洁，防止出现住院长期卧床出现的。褥疮和保持清洁的口腔。
自身免疫性脑炎如果比较轻微，一般不严重，但如果症状比较明显，可能是比较严重的。
自身免疫性脑炎是一类由自身免疫机制介导造成的疾病，患者可能会出现反应迟钝以及恶心、呕吐等症状，如果病情比较轻微，可能并不会特别严重，但还有一些患者可能出现癫痫持续状态，病情还伴有意识障碍，一般是比较严重的，建议要及时去医院，积极的用药物进行治疗。
对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑干脑炎通常比较难治好。
脑干脑炎属于严重的脑炎，虽然一般不会出现后遗症，但脑干脑炎属于一种比较严重的神经系统感染性疾病，要想根治就很困难。在治疗时，需要使用抗感染药物、脱水剂、抗病毒药物，可以静脉注射丙种球蛋白激素。一般来说，脑干脑炎很少会出现反复发作的情况。治疗期间，患者要注意保暖，避免着凉，避免感冒，要保证充足的睡眠，同时要多吃蔬菜和水果，补充维生素，提高身体素质。
想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。