病情严重者可出现后遗症。根据脑组织损伤部位不同，临床表现多种多样，如痴呆、言语障碍、哭笑无常、多汗，以及癫痫发作，即反复抽搐。还可出现智力障碍、肢体活动障碍，严重者出现植物生存状态，即植物人。
脑炎常见的后遗症有引发的智力障碍，会引起癫痫发作，会造成脑积水。发生这种病后也不要过于着急和惊慌，一定要平复好心情，给病人一个安静的环境，同时也要给予病人安全措施，控制好病人的情绪，在饮食上要注意清淡饮食。
脑炎后遗症前期有发热、头痛、肌痛、呕吐、腹泻等症状。伴随脑炎后遗症症状在脑炎发病之前或同时伴有相应病毒感染的症状。脑炎后遗症主要表现为神经精神方面的异常。神经异常的表现多有发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥等，重者则大脑、丘脑下部、底节、脑干、小脑和脊髓的症状都可能有异常表现。精神异常表现为兴奋多语、烦躁、哭笑无常、失眠、行为异常。
痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、还有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；兴奋多动等精神状态及认知功能异常。
早期症状很轻不显，有头晕，头痛，耳鸣，记忆力下降，强迫，抑郁，焦虑，幽闭以及心胃神经管能症，稍严重时还会有行走步态轻微异常等症状。能否控制病情继续发展并获恢复，必须对病情资料进行分析才能议定出有效的治疗措施。