没有特效治疗方法，主要是对症治疗、支持治疗和防治并发症、如头痛严重者可用止痛药，脑水肿可适当应用甘露醇。抗病毒治疗可明显缩短病程和缓解症状，针对单纯性疱疹病毒及EB病毒多用药物治疗。如果脑炎严重的，可以造成运动，感觉功能障碍，有以上表现的，需要按医嘱口服调理神经功能的药物对改善以上症状有很好的作用。
中医治疗：但传统中医治疗脑炎后遗症疗程很慢，效果不是很理想，长期下去会造成有些患者体质的一定副作用。一般治疗及对症治疗：护理、降温、止惊以及呼吸衰竭等处理可参照乙脑的治疗。
脑炎患者有后遗症之后，应该采用抗病毒药物治疗，采用抗病毒的药物治疗主要是为了提高患者的机体抵抗力，患者如果出现了高热情况，就应该及时的采用物理降温或者是退烧药进行治疗了。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
神经组织修复疗法治疗脑炎后遗症是采用外周血骨髓血，通过专用的神经因子分离液、提取、纯化后的到临床治疗所需要的神经因子；经过静点，注射或接入等方法将神经因子输入患者体内，利用神经因子具有自我复制和分化的功能来修复体内受损的神经因子，达到机体功能重建的目的。也可药物治疗。
可以采用药物治疗在相结合康复训练，要控制颅内高压、高热和抽搐发作尤为重要，精心护理可防止继发感染，注意饮食，生活要规律，也可去正规医院诊断后在配合医生治疗。