一般情况下，益生菌能治疗小儿便秘。具体情况分析如下：
小儿便秘与饮食不当有一定的关系，可以服用益生菌进行调理，可以通过观察治疗来消除直肠中的坎墩粪便，可以服用泻药来减轻，如果病情严重，可以使用生理盐水来缓解，第二种是导泻剂，如：渗透性泻剂乳果糖、聚乙二醇等。平时一定要养成良好的饮食习惯，多吃新鲜的水果、蔬菜等，经常去卫生间等。
益生菌可以调节胃肠功能，帮助消化，促进胃肠蠕动。调节肠道内菌群失调。无论是二联枯草杆菌还是三联活菌疫苗这些益生菌都是可以的。这些都可以增加肠道有益菌的数量，消化不良等症状都有很好的治疗效果的。
便秘的病人是可以通过服用益生菌来调理肠道的，但是这个过程是比较长的，一般得需要调理2-3个月才能见效，另外还需要减量巩固一段时间，逐渐的停用益生菌，常用的益生菌。平时的时候也可以吃一些粗纤维的食物。
便秘与不良饮食生活习惯有关，平时注意饮食调理，忌食生冷油腻刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，多喝温开水，保持大便通畅，养成每日定时排便的习惯，适当进行户外活动，促进肠道蠕动。
便秘儿童可以选择服用调节肠道菌群的药物来调节肠道菌群。对于便秘的儿童，也有中医疗法，甚至按摩疗法对儿童也有较好的临床效果。平时注意让宝宝多吃水果和蔬菜，保证每天有足够的饮用水。注意不要让小孩吃一些滚烫、辛辣的食物，平时要早睡不要熬夜，降低机体免疫力。