益生菌可以调节胃肠功能，帮助消化，促进胃肠蠕动。调节肠道内菌群失调。无论是二联枯草杆菌还是三联活菌疫苗这些益生菌都是可以的。这些都可以增加肠道有益菌的数量，消化不良等症状都有很好的治疗效果的。
便秘的病人是可以通过服用益生菌来调理肠道的，但是这个过程是比较长的，一般得需要调理2-3个月才能见效，另外还需要减量巩固一段时间，逐渐的停用益生菌，常用的益生菌。平时的时候也可以吃一些粗纤维的食物。
一般情况下，小儿便秘吃以下药好：
小儿便秘，要使小儿无痛苦、顺畅的排便，可以通过吃乳果糖进行排便，避免使用开塞露和香皂条等药物来促进排便，避免造成严重的大便问题。可以吃一些可以调节胃肠的益生菌，比如常乐康颗粒、小培菲康颗粒等。平时注意适当地吃新鲜的水果蔬菜。在日常生活中，应该让小儿适当地进行运动，有助于促进胃肠蠕动。
宝宝便秘多吃水果和蔬菜，比如芹菜、油菜、白菜、菠菜、萝卜、豆角、苋菜等，富含膳食纤维。平时，多增加宝宝的活动量。因为运动可增加肠蠕动，促进排便。妈妈也可在宝宝临睡前，以其肚脐为中心按顺时针方向轻轻按摩其腹部。
家里常备些健胃消食的药物及益生菌来增强宝宝的胃肠消化功能。平时的饮食习惯要少肉多素，养成爱喝水的习惯。主食要以容易消化的食物为主，如面条、馒头。养成饭前先喝稀粥的习惯，蔬菜水果要合理搭配食用。多做户外运动，养成定时排便的习惯。也可服用些小麦纤维素来润肠排便。
小儿便秘合并消化不良的药物主要有以下几类：
1.通便类药物，家长可以给宝宝吃乳果糖等；
2.是益生菌，常用的益生菌有金双歧、培菲康、常乐康等，饭后半个小时内服用益生菌；
3.可以调理肠胃的中药，比如小儿七珍丸、婴儿健脾散、四磨汤口服液等。
小儿便秘合并消化不良，除了要用药外，还要注意饮食的调理，平时要少吃多餐，多吃一些富含粗纤维的水果。
