巧克力囊肿手术后不会影响受孕的。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢和生理功能。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
巧克力囊肿术后是能怀孕，所以不要担心，需要看一下平时的月经情况的，怀孕前需要全面体检看一下，注意看看经期的情况是否规律或者预防囊肿反复的情况，巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。