子宫内膜异位症的一种病变，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂。治疗方面，还未生育的年轻女性一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
卵巢巧克力囊肿是不太可能自行消失的。巧克力囊肿是肿块但并非是肿瘤，如果囊肿较小，不会影响怀孕，如果较大直径达到或超过3厘米者，应及时采取治疗。手术去除后才能考虑怀孕。
卵巢巧克力囊肿是由卵巢子宫内膜异位症引起的。可以考虑药物治疗，如假妊娠治疗或假更年期治疗。症状严重且肿块大，可以考虑腹腔镜手术。不要有性生活，不要吃辛辣刺激性生冷的食物，不要洗盆浴，以纯棉透气好的内裤为主要多注意局部卫生，平时精神压力不要过大多注意休息。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。