巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
卵巢巧克力囊肿手术后是会复发的，复发率也是比较高的。复发的原因主要是因为巧克力囊肿大多数造成囊肿与子宫内壁发生粘连，通过手术也很难将囊肿完全切除，在切除的时候多数会造成囊肿破裂，从而引起复发。
如在切除子宫得同时，还有卵巢巧克力囊肿，需同时囊肿核除。切除子宫后巧克力囊肿还会复发的，一般巧克力囊肿的情况还是有复发的可能的，建议手术后配合药物预防反复的情况。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
卵巢巧克力囊肿手术后会再复发，一般复发率不是很高，具体要根据身体的情况来定。因此在术后要注意预防：注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态。月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪。术后增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速愈合，增加体力。注意休息，避免劳累，不要吃辛辣食物，定期复查即可。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。