巧克力囊肿的治疗方法包括药物治疗、中医治疗以及手术治疗。药物治疗就是通过药物外敷、内服的方法进行治疗，药物治疗相对比较方便、简单，不用住院，不用手术，也不会影响到自己的日常生活，没有创伤。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿（子宫内膜异位瘤）是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。这是卵巢囊肿的种类之一。除此之外还有功能性囊肿也称为生理性囊肿，这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿，出血性囊肿年轻女性常见的妇科疾病之一，大部分的情况下出血性卵巢囊肿会复原，因此可以先行观察，不一定需要药物或手术治疗。
巧克力囊肿的分类有多种，可以分为功能性囊肿、卵巢囊肿、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿、出血性囊肿，有时候出血性囊肿会合并腹腔内出血，还有子宫内膜样瘤、畸胎瘤、卵巢癌、子宫内膜异位瘤这些分类。
