内分泌失调，部分女性子宫内膜薄，是因为内分泌严重失调致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱所致。可以用适量的雌激素、孕激素调整，在一定程度上能够增加子宫内膜的厚度。流产刮宫对内膜造成损伤。人流刮宫会使子宫内膜变薄。多次药流或人流时操作过重都可能引起子宫内膜薄。有的做完人流手术后，就没有来过月经，这说明人流手术严重伤害了子宫内膜。如果内膜基底层受到损伤，甚至会出现宫腔粘连，后果会很严重。
子宫内膜薄，主要是卵巢功能不好引起的。卵巢主要是分泌体内的各种性激素。内膜主要是靠卵巢分泌的雌性激素来增长。一般需要调理3到6个周期，平时营养丰富，饮食搭配合理忌吃辛辣油腻食物。
妇产科经常性的宫腔操作本身就可能损伤子宫内膜，操作不当可能造成永久性不可逆的内膜伤害，有人工流产史，人工流产手术不当，子宫内膜搔刮过度、人工流产后继发感染均可能导致子宫内膜永久性损伤，形成日后的薄型内膜。急性或慢性宫腔感染均可导致子宫内膜基层的破坏。
导致子宫内膜薄的原因有全身性的，常见的原因有雌激素水平低、孕激素水平不足和存在排卵障碍和缺乏生长激素等，也有局部的原因，例如内膜损伤，粘连和缺如等，在人工流产后，子宫内膜尚未恢复，也会导致子宫内膜薄。
子宫内膜薄是因为有的人先天性子宫内膜薄，其次如果是激素水平低，会限制子宫内膜增生及修复，孕激素水平高也会导致子宫内膜薄。去医院做个妇科经彩超，首先看子宫内膜的厚度及卵泡大小数目，看有无占位性病变。也可以查性激素六项评价卵巢功能。