小的卵巢囊肿也可以自愈的，只有大的囊肿才需要手术，穿刺就是在B超引导下，用粗针头抽出黏液，不用剖腹开刀了，对身体创伤小，容易接受，这也是近年来出现的一种介入疗法，以前做卵巢囊肿手术，只有剖腹才可以，对身体创伤比较大。
一般卵巢囊肿抽液术后恢复较好，没有什么异常症状。手术后饮食上一定要多注意，卵巢囊肿病人饮食宜清淡，不食或少食高剂量乳糖以及过多的动物脂肪。多食用富含纤维素的食物。
如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
小于3厘米的卵巢囊肿一般是不需要进行手术治疗的，患者一般没有明显症状，主要是在体格检查时偶然发现的卵巢囊肿，通常不用进行特殊处理，随访观察即可，过一段时间可以再做B超检查，观察囊肿有没有变大，或者有没有自己消失。对于比较大的卵巢囊肿或者恶性的卵巢囊肿，患者一般是需要进行手术治疗的，手术可分为囊肿剔除术和卵巢切除术。
如果是良性卵巢囊肿可以采用切除术，如果卵巢囊肿已经是晚期时，为了避免囊肿组织向盆腔和腹腔转移，要尽快的切除原发囊肿。但是，晚期的囊肿已经与卵巢粘黏到一起，并紧贴着盆覆膜，所以需要将整个卵巢全部切除。