卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和巧克力差不多，主要是因为子宫内膜脱落，形成月经，月经周期反复脱落，可有局部的出血现象在卵巢里形成了积血，最后导致了巧克力囊肿的产生。初期的巧克力囊肿可采用药物治疗，并密切的随访复查，注意卵巢囊肿的变化。严重的卵巢囊肿者要给予手术治疗。
巧克力囊肿，其实就是由于子宫内膜异位造成的卵巢囊肿。因为囊肿里面，都是一些陈旧性的血液，就和巧克力的颜色差不多，所以就叫巧克力囊肿。如果巧克力囊肿大于5厘米，也容易发生一些并发症，需要手术治疗。如果比较小，可以服用桂枝茯苓胶囊调理。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种，这种疾病是需要系统的，而子宫内膜异位症是可能导致不孕的，疾病的前期叫做，子宫内膜异位症。疾病的病因现在并没有明确。主要是自身内分泌激素和性生活引起，比如月经期间性生活，可能有点影响的。巧克力卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见。卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，恶性变的程度很高。
在宫腔内的子宫内膜，每个月脱落一次，形成月经。异位的子宫内膜，就是当子宫内膜异位到卵巢内以后，它也会像来月经一样，每个月出一次血，当它多次的周期性出血以后，这个血排不出去怎么办，就会在卵巢内形成一个囊肿。叫做卵巢子宫囊肿，会对女性身体造成很大影响的妇科疾病。
这种疾病也叫做卵巢内膜异位囊肿，是由于子宫内膜异位到卵巢内造成的一种疾病，也是子宫内膜异位症中十分常见的一种，与肿瘤性质的卵巢囊肿有很大的区别。子宫内膜异位到卵巢内后，还是会受卵巢性激素的影响。随着月经来潮，卵巢内的异位内膜也会发生出血，但是这种出现无法排出体外，滞留在卵巢内。种子一样，继续种植，如此一次次的循环，长时间下来，累积的越来越多，就出现囊包，就叫做卵巢内膜异位囊肿。
