卵巢囊肿可能误诊，但几率相对较小。
在所有的妇科肿瘤里，最常见的就是卵巢癌。囊性囊肿分为囊性、囊实性和实性三种类型。特别是恶性的卵巢上皮癌，伴随着与之对应的肿瘤有关的抗体。但有些恶性肿瘤，不会出现明显的抗体增高或者是不正常的情况，所以在手术中，很容易出现错误的情况。大部分的错误诊断都是因为癌症的本质而导致的。而手术后的组织学检查，则是最好的判断依据。总的来说，在手术之前或治疗之前，误诊的可能性很低。
宫外孕如果发现的比较早，没有发生破裂的情况下，可以进行保守治疗。保守治疗主要是应用杀胚药物终止妊娠。然后用活血化瘀作用的中药促进包块的吸收。可以保守治疗宫外孕的需要住院，在医生护士的密切观察下进行治疗和检查，一旦保守治疗失败仍需手术治疗。
如果是遗传导致的，或者存在手术不完全的情况，卵巢囊肿容易复发；但其它情况一般容易复发。
卵巢囊肿是否会复发主要与遗传因素有关，某些患者的体质本身就比较容易形成囊肿，因而术后卵巢囊肿复发的概率也较普通人更大。同时如果手术过程中选择的是卵巢囊肿剔除术，囊壁剔除的不完全，有残留的话，则很有可能出现术后囊肿复发。
此外，如果不存在上述情况，卵巢囊肿一般不容易复发，注意复查即可。
治疗难易取决于病人年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及病人的主观愿望等因素而定。卵巢囊肿及时治疗，虽然小，但是也是要引起重视的。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。