通常情况下，川崎病的后期要注意心脏的损伤。
因为川崎病可能会造成儿童的冠状动脉的扩张，还有冠状动脉瘤、心律失常的损伤。所以一般需要定期给患者检查心电图。其次，是继续应用抗凝药物，因为在川崎病的后期，通常也会造成患者的体内存在高凝状态。此时，往往仍然需要长期的应用潘生丁、阿司匹林等药物进行治疗。并且需要在应用抗凝药物的同时，要注意给患者动态检查血小板计数，血沉，凝血功能等。
川崎病后期主要以冠心病为主。冠脉发炎会慢慢消失，并会有纤维组织的生长。在此期间，患者需要注意预防感染、药物治疗、定期复查、超声波检查等，具体情况分析如下：
1.预防感染，避免再犯；2.给予阿司匹林，直到其冠脉恢复到原来的水平；3.对患有冠心病的患者进行严密追踪，术后1、3个月及5个月后进行复查。4.对于没有冠心病的儿童，应经常进行心脏电波及心脏超音波检查。
一般情况下，婴儿川崎病的诊断要根据其临床症状来判断。具体分析如下：
1、会有持续高烧，并且对抗生素的治疗也不是很有效；
2、发烧，会有全身的红疹，嘴唇附近的粘膜破裂，还有一种叫做“杨梅”的舌头。一些孩子也会有红眼病、颈淋巴结有显著增大。一般的感染一般不会有血沉的现象。其它试验缺少特异性症状。川崎病的诊治要考虑多种因素。
川崎病是一种自限性的疾病，大部分病人的预后都很好。
一般只有1%-2%的儿童会发生川崎病的复发，而那些没有发生管状动脉病变的孩子，一般会在1个月、3个月、6个月、1-2年进行一次全面的身体检查，包括身体检查、心电图、超声心动图等。如果没有得到有效的治疗，约15%-25%的儿童会患上冠状动脉瘤，因此，应该在6-12个月内进行长时间的跟踪。冠状动脉瘤在发病后2年内会自行消失，但仍会出现血管壁增厚、弹性减退等功能障碍。较大的动脉瘤往往难以完全消退，经常会造成血栓和官腔狭窄。
川崎病即黏膜皮肤淋巴结综合征，1967年日本的川崎富首先报道。
黏膜皮肤淋巴结综合征亚裔人发病率高，病因不明。流行病学研究有多种病原，如立克次体、葡萄球菌、链球菌和其他病毒感染，支原体感染也可能一个原因，这些原因没有被证实。免疫力下降容易导致感染，如细菌感染、病毒感染、支原体感染等。黏膜皮肤淋巴结综合征主要和免疫功能相关，免疫力低的孩子容易感染。