小儿肛瘘发病部位多在肛门两侧，瘘管多呈浅在、单纯、垂直。复杂而瘘深的较少。如果男孩或女孩发生肛瘘，其临床表现各有不同。男婴儿肛门发炎后红肿疼痛，形成脓肿后肛周皮肤肿胀光亮，中心软化，破溃后流出脓液而形成肛瘘，腹泻时大便从瘘管口流出。反复发炎脓肿破溃则成为慢性肛瘘。
孩子出现肛瘘，会出现疼痛以及排便次数的增多，包括出现肛门部位的红肿以及渗出液等。应及时带孩子去正规的三甲医院肛肠科进行检查和治疗，具体用药请遵医嘱。在治疗的期间，需要注意给孩子服用容易消化的食物。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
症状有肛区疼痛：肛瘘急性感染期时脓液积聚于瘘管内，肛区会有胀痛感。患儿会出现哭闹不安，排便时出现肛门疼痛，患儿不敢排大便。患儿坐着或平躺时会压迫肛门产生肛门疼痛，导致小儿喜趴着或侧身躺着。
肛瘘的症状可有肛门流脓，肛门肿痛，肛门有肿块，会排便困难，贫血，神经衰弱等。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。