小儿肛瘘发病部位多在肛门两侧，瘘管多呈浅在、单纯、垂直。复杂而瘘深的较少。如果男孩或女孩发生肛瘘，其临床表现各有不同。男婴儿肛门发炎后红肿疼痛，形成脓肿后肛周皮肤肿胀光亮，中心软化，破溃后流出脓液而形成肛瘘，腹泻时大便从瘘管口流出。反复发炎脓肿破溃则成为慢性肛瘘。
孩子出现肛瘘，会出现疼痛以及排便次数的增多，包括出现肛门部位的红肿以及渗出液等。应及时带孩子去正规的三甲医院肛肠科进行检查和治疗，具体用药请遵医嘱。在治疗的期间，需要注意给孩子服用容易消化的食物。
症状有肛区疼痛：肛瘘急性感染期时脓液积聚于瘘管内，肛区会有胀痛感。患儿会出现哭闹不安，排便时出现肛门疼痛，患儿不敢排大便。患儿坐着或平躺时会压迫肛门产生肛门疼痛，导致小儿喜趴着或侧身躺着。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。