麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
出现咳嗽或者是支气管方面的病症很多见，做气管镜有些伤害，但不是都有。如果孩子得的是重症肺炎，大叶性肺炎，做纤维支气管镜一般对孩子是没有伤害的。纤维支气管镜可以把孩子肺里面的痰液吸出来，这样可以增加孩子好转的速度。
支气管镜需要600元-1000元左右。支气管镜其实就是通过纤维支气管内镜，进行检查的一项特殊检查，纤维支气管镜弯曲自如，能直视病变，还能做黏膜刷检和活检、经支气管镜肺活检、经纤支镜肺泡灌洗。
支气管镜包含很多检查项目。支气管镜就包括普通支气管镜，超声支气管镜，荧光支气管镜，窄带支气管镜等，普通支气管镜下首先可以检查气管内有无异物，增生等表现。可以取活检，用毛刷进行刷检查涂片，也可以进行灌洗液的检查，可以查肿瘤细胞，细菌培养，抗酸色等病理检查。